16 października 2019 roku w 41 rocznicę wyboru Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową w Krakowskim centrum Jana Pawła II miała miejsce uroczysta inauguracja roku akademickiego. W tym roku było to szczególne wydarzenie, Uniwersytet obchodził swoje 10 – lecie oraz kard. Zenon Grocholewski został uhonorowany tytułem doktora honoris causa.

Uroczystości rozpoczęła wspólna eucharystia w Sanktuarium Jana Pawła II, której przewodniczył i wygłosił homilię kard. Zenon Grocholewski – emerytowany Prefekt Kongregacji Wychowania Katolickiego. W Mszy Świętej wzięli udział także: abp. Marek Jędraszewski – metropolita krakowski i Wielki Kanclerz uniwersytetu, kard. Stanisław Dziwisz oraz liczni biskupi i prezbiterzy związany z uczelnią.

Następnie w sali kongresowej Centrum Jana Pawła II rektor UPJP II, przywitał licznych gości, wśród którym znalazł się między innymi wiceminister Edukacji i Szkolnictwa Wyższego premier Jarosław Gowin. Wyrażając swoją wdzięczność za przekształcenie PAT w UPJP II,  ks. prof. Wojciech Zyzak podziękował kard. Stanisławowi Dziwiszowi za wszystko co zrobił dla tej idei, oraz swojemu poprzednikowi, śp. ks. prof. Janowi Maciejowi Dyduchowi, a  także przedstawił krótki zarys sukcesów uczelni. Kolejni goście, którzy zabierali głos, wyrażali swoją wdzięczność, za ten okres pracy Uniwersytetu, życząc zarówno pracownikom, jak i studentom licznych sukcesów. Jak to podkreślił kard. Stanisław Dziwisz, Janowi Pawłowi II zależało na solidnej formacji intelektualnej polskich księży i marzył o kościelnym uniwersytecie w Krakowie.

W tym doniosłym dniu do wspólnoty akademickiej UPJPII zostali włączeni studenci I roku podczas uroczystej immatrykulacji, a liczni wykładowcy i pracownicy zostali odznaczeni orderami oraz medalami przyznanymi przez prezydenta RP Andrzeja Dudę.

Laudację wygłosił dziekan Wydziału Prawa Kanonicznego ks. prof. Tomasz Rozkrut.

Uroczystości zakończył wykład wskazujący na nauczanie św. Jana Pawła II odnoszące się do uczelni kościelnych, który wygłosił ks. kard. Zenon Grocholewski.